QUARK不同于前面介绍的两个，它是一种从头结构预测工具。可以仅从序列上就能预测出蛋白的结构，不需要模板结构的存在。它是依靠N多个1-20个长度的氨基酸碎片在使用经验力场的蒙特卡洛模拟的指引下构建模型。对于QUARK而言不需要提供任何多余的模板信息，因此十分适用于没有同源结构的蛋白预测。
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